NIB ohjaa rahat välittäjäpankkien kautta pienhankkeisiin, jotka tehostavat jäteveden käsittelyä ja edistävät uusiutuvien energialähteiden käyttöä haja-asutusalueilla.
NIB:n lainoilla välittäjäpankit pystyvät tarjoamaan rahoitusta kotitalouksien, maatilojen ja pk-yritysten päästöjen vähentämiseen, ehkäisemiseen ja käsittelyyn.
Välittäjäpankit jakavat NIB:n lainat pienempiin osiin ja luotottavat ne edelleen ympäristöhankkeisiin. 
Välittäjäpankkeja on kaksi: Aktia Säästöpankki Oyj ja Sampo Pankki Oyj. Luottojen yhteisarvo on 60 miljoonaa euroa. NIB on valmis neuvottelemaan vastaavanlaisista lainajärjestelyistä myös muiden pankkien kanssa.
Noin miljoona suomalaista, eli noin viidennes väestöstä, asuu taloissa, joita ei ole liitetty kunnallisiin viemärijärjestelmiin. Näin ollen lähes 350 000 vakituisen asunnon ja 450 000 vapaa-ajan asunnon jätevesien käsittely tapahtuu paikallisesti.
Käsittelyjärjestelmät ovat usein vanhentuneita tai tehottomia, jonka seurauksena käsittelemätöntä jätevettä valuu jokiin, järviin, asuinalueille ja sitä kautta lopulta myös Itämereen.
Huomattava osa Suomen typpi- ja fosforipäästöistä Itämereen on peräisin maataloudesta ja haja-asutusalueiden jätevedestä. Typpi- ja fosforipäästöt ovat yksi Itämeren rehevöitymisen pääaiheuttajista. NIBin lainat voidaan myös ohjata kotitalouksien hankkeisiin, jotka liittyvät maalämpöjärjestelmän asentamiseen tai ikkunaeristysten parantamiseen. Näin pystytään vähentämään energianhukkaa ja tehostamaan energiankäyttöä.
Maatalouksille lainoja voidaan myöntää esimerkiksi lannoitteiden ympäristöystävälliseen käsittelyyn.