Joutsenmerkin tavoitteena on tukea ympäristön kannalta hyvien biopolttoaineiden tuotekehitystä ja markkinointia.
Suomen markkinoille toivotaan biopolttoaineita, jotka vähentävät oleellisesti liikenteen kasvihuonekaasupäästöjä ja muita ympäristöhaittoja.
Saadakseen Joutsenmerkin biopolttoaineen tulee vähentää kasvihuonekaasupäästöjä sekä terveydelle haitallisia päästöjä fossiilisiin polttoaineisiin verrattuna. Lisäksi biopolttoaineen tulee olla kestävästi tuotettua ja yhtä laadukasta kuin tavanomaiset polttoaineet.
Joutsenmerkittyjen biopolttoaineiden ensisijainen tarkoitus on vähentää liikenteen kasvihuonepäästöjä. Joutsenmerkityn biopolttoaineen hiilidioksidipäästöjen yläraja on 50 g/Mj, eli 180 g/kWh, mikä on noin 45 prosenttia alempi kuin esimerkiksi tavanomaisen bensiinin päästöt.
Hiilidioksidipäästöjen vähenemä mitataan tuotteen koko elinkaaren ajalta. 
Biopolttoaineiden raaka-aineiden tuotannon tulee olla kestävällä pohjalla. Joutsenmerkki suosittelee ensisijaisesti ns. toisen sukupolven raaka-aineiden, kuten biokaasun, biojätteiden, lietteen ja metsäjätteiden käyttämistä.
Joutsenmerkityn biopolttoaineen raaka-aineeksi ei hyväksytä elintarvikkeiksi kelpaavia viljakasveja, kuten maissia, riisiä tai viljaa. Sokeriruoko ja palmuöljy hyväksytään raaka-aineiksi vain, mikäli niiden tuotanto on sertifioitua.
Liikenteen biopolttoaineet eivät yksin ratkaise ilmastonmuutosta, mutta ovat tärkeä osa kokonaisuutta. ”Tehokkain keino vähentää liikenteestä aiheutuvia kasvihuonepäästöjä on vähentää liikenteen ja ajettujen kilometrien määrää.” sanoo SFS-Ympäristömerkinnän asiantuntija Karin Bergbom. ”Liikennettä ei voida kuitenkaan lopettaa kokonaan. Joutsenmerkityt polttoaineet antavat tehokkaan keinon vähentää jäljelle jäävän liikenteen päästöjä.”
On pitkälti kuluttajien ja tuottajien kiinnostuksesta kiinni, milloin pääsemme tankkaamaan kestävämmin tuotettuja polttonesteitä. Joutsenmerkki toivoo, että viranomaiset vauhdittaisivat siirtymistä kestäviin polttoaineisiin esimerkiksi liikenne- ja veropoliittisilla ratkaisuilla.
Joutsenmerkin kriteerit luodaan aina määräajaksi. Liikenteen polttoaineiden kohdalla tekniikan ja lainsäädännön kehitys on niin nopeaa, että kriteerit tullaan uudistamaan jo kahden vuoden kuluttua.